Pemberian Hak Otonomi dalam berbagai aspek di Era Reformasi ini memberikan harapan baru khususnya bagi dunia pendidikan, untuk lebih berupaya meningkatkan kualitas Sumber Daya Manusia (SDM) yang berhati nurani dan bermartabat, yang mampu menguasai dan memberdayakan berbagai teknologi untuk kemakmuran bangsa dan negara, walaupun hal itu perlu ditempuh dengan berbagai upaya oleh semua pihak demi terciptanya manusia Indonesia yang berkualitas. Terkait dengan kebutuhan untuk mempersiapkan SDM yang berkualitas yang mampu bersaing di era global, Dalam perjalan Yayasan Tunas Karya sebagai Lembaga Pendidikan Swasta turut mengambil bagian dalam upaya mencerdaskan Generasi Bangsa terbukti dengan berdirinya Sekolah Swasta Katolik ( SD Santu Yusup ) tahun 1959 di Kabupaten Karimun, dan SMP Santo Yusup tahun 1968, dengan melihat kondisi tersebut perlu dilakukan suatu upaya antisipasi dalam memenuhui tuntutan para pelaku pendidikan khusus Orangtua / Peserta Didik untuk melanjutkan Pendidik Sekolah Menengah Atas / SMA , Maka Yayan Tunas Karya membuka unti sekolah baru di komunitas Santo Yusup pada Tahun 2000 dengan nama SMA Santo Yusup.